Вести раздельный учёт результатов финансово‑хозяйственной деятельности по каждому контракту: обособленно фиксировать доходы и расходы строго в разрезе конкретного договора.
Привязывать каждую хозяйственную операцию к контракту: в первичных документах, платёжках, накладных, актах, счетах‑фактурах указывать идентификатор контракта (в т. ч. ИГК для ГОЗ).
Формировать аналитику в учётной системе (например, в 1С): использовать субконто/номенклатурные группы/проекты по каждому контракту, корректно разносить проводки